一九八九—一九九0年，印控以穆斯林为主的查谟和克什米尔地区发生大规模骚乱。巴基斯坦因此谴责印度侵犯人权，而印度则谴责巴基斯坦支持印度的分裂分子。
一九九六年一月，印巴开始讨论在克什米尔划分停火线问题。
一九九七年九月，印巴外交秘书会谈陷入僵局，但双方表示将再次举行会谈。随后，巴基斯坦总理谢里夫提议与印度就签订互不侵犯条约举行会谈，并提议两国就限制它们的核能力达成一项协议。
一九九八年四月，巴基斯坦试射其射程最远的“高里”导弹。
一九九八年五月，印度和巴基斯坦先后进行了一系列核试验。两国因此招致美国的制裁。
一九九八年九月，瓦杰帕伊和谢里夫在出席联合国会议期间举行会晤，以恢复一年前中断的会谈。
一九九八年十一月，印巴双方在新德里恢复和谈。随后，美国宣布暂时取消对印巴的部分制裁。
一九九九年一月，巴基斯坦板球队在严密的安全措施下抵达印度，两国当局在保证这次友好比赛的顺利进行方面表现出前所未有的团结。
一九九九年二月，瓦杰帕伊乘坐跨越边境的公共汽车前往巴基斯坦与谢里夫进行会晤，这是过去十年来印度总理第一次访问巴基斯坦。印巴双方签署了《拉合尔宣言》，表示将致力于解决两国间存在的所有悬而未决的问题。两国外交秘书还就在南亚建立和平与稳定的环境、在核武器和常规武器领域避免新的冲突等问题签署了一份谅解备忘录。
